תנאי הקבלה
• ועדת הדוקטורט החוגית תפקח על קבלת התלמידים לתכנית הדוקטורט ותמליץ על קבלתם בפני הרשות ללימודים מתקדמים.
• רשאים להגיש מועמדותם כל מי שסיימו תואר שני בלימודי ישראל באוניברסיטת חיפה או באוניברסיטה מוכרת אחרת בארץ ובחו״ל, אשר למדו במסלול המחקרי (א׳) לתואר השני, ואשר השיגו ציון טוב מאוד (86 ומעלה) בעבודת הגמר המחקרית וציון טוב (80 ומעלה) בשאר לימודיהם.
• מוסמכי חוגים אחרים שעומדים בתנאים אלה, יתקבלו לאחר דיון בוועדת הדוקטורט ומדריך עבודת הד״ר יקבעו לתלמיד המחקר את תכנית הלימודים שלו ואת היקפה ולאחר שתבחן את מהלך לימודיו ואת מידת התאמתם לתכני הלימוד בחוג.
• מוסמכים במסלול ב׳ אשר סיימו בממוצע 90 לפחות יוכלו להתקבל לתכנית הדוקטורט רק לאחר שישלימו כתיבתה של עבודת גמר מחקרית, הכל על–פי תקנון לימודי תואר שלישי.
• הקבלה לתכנית מותנית בהסכמה בכתב של אחד ממורי החוג המוסמכים להנחות עבודת דוקטורט, בה יביע נכונותו להדריך את המועמד/ת בנושא המוצע.

מבנה הלימודים
משך הלימודים לתואר השלישי הוא ארבע שנים, והוא מחולק לשני שלבים: שלב מחקר א׳ ושלב מחקר ב׳.
שלב מחקר א׳: משך הלימודים בשלב מחקר א׳ לא יעלה על שנתיים מתחילת סמסטר הלימודים בו התקבל התלמיד (כולל חופשת הסמסטר/הקיץ). במהלך תקופת לימודים זו, ולא יאוחר מסוף השנה האקדמית הראשונה, יידרש התלמיד להשלים את הצעת המחקר, לקבל את אישור המנחה להצעה ולהגישה לעיון הוועדה החוגית, וכן לעמוד בדרישות אחרות שהוטלו עליו על ידי הוועדה החוגית.
שלב מחקר ב׳: משך הלימודים בשלב מחקר ב׳ יהיה פרק הזמן שבין סיום שלב מחקר א׳ ועד ארבע שנים מתחילת הסמסטר בו התקבל התלמיד ללימודי תואר שלישי. במהלך תקופת לימודים זו, יידרש התלמיד להשלים את כתיבת עבודת הדוקטור, לקבל את אישור המנחה (והוועדה המלווה אם מונתה), אישור הוועדה החוגית, וכן להגישה לרשות ללימודים מתקדמים לצורך שיפוט.
בכל שלב ישמע התלמיד סמינר מחקר לתלמידי דוקטורט במסגרת ביה״ס להיסטוריה (סה״כ שני סמינרים). מדריך עבודת הד״ר יקבע לתלמיד המחקר את תכנית הלימודים שלו ואת היקפה. ועדת הד״ר החוגית תאשר את התכנית והיקפה. תוכנית הלימודים תכלול קורסים בהיקף של עד 16 שש״ס ולא יותר מארבעה קורסים. הוועדה רשאית להטיל על התלמיד חובת בחינה (בכתב או בעל–פה) בשיעורים שהתלמיד נדרש להשתתף בהם.
בסמינריונים נדרשת רק חובת השתתפות פעילה. עם סיום חובות הלימוד ובגמר עבודת המחקר, יגישו התלמידים את עבודותיהם בחתימת המנחים לוועדת הדוקטורט החוגית.
לאחר שתבחן את מהלך הלימודים ואת העבודה שבפניה, תמליץ הוועדה על מינוי השופטים ותעבירה לרשות ללימודים מתקדמים.

לימודי מחקר מקדים (השלמות לד״ר)
מסלול לימודים זה מיועד לסטודנטיות וסטודנטים אשר סיימו לימודי תואר שני בלימודי ישראל ובתחומים משיקים בציון 86 לפחות. מועמדים אלה יידרשו להשלים, לכל הפחות עבודת גמר מחקרית (תזה). תנאי הקבלה למסלול זה הם:
— סיום לימודי התואר השני בציון 86 לפחות.
— אישור בכתב ממנחה שמסכים להנחותו בעבודת הגמר המחקרית.
מועמדים שיתקבלו למסלול זה צריכים להשלים כתיבת עבודת גמר מחקרית (תזה) ולעמוד בתכנית לימודים שתוטל עליהם ע״י הוועדה החוגית ללימודי התואר השני. משך הלימודים במסלול זה הינו שנה אחת בלבד.
השלמת הלימודים במסלול זה אינה מהווה קבלה אוטומטית ללימודי תואר שלישי.
לאחר אישור עבודת הגמר המחקרית, המועמד יגיש את מועמדותו כמקובל במסלול הרגיל לדוקטורט.